Ada 2 jenjang sekolah di Yayasan Permata Islam Bogor, TPA/TK dan SD. Sekolah Permata Islam berupaya menanamkan nilai-nilai Islam dan Sunnah dengan pemahaman Salafussoleh kepada para siswa, dengan harapan mereka memiliki akidah shahihah, ibadah sesuai sunnah, dan berakhlakul karimah.

Salah satu program utama dari Sekolah Permata Islam adalah hafalan Al-Qur'an dengan target minimal 3 Juz. Sekolah Permata Islam ditujukan untuk masyarakat tingkat ekonomi menengah ke bawah dan kaum dhuafa. Bahkan Yayasan Permata Islam telah menetapkan program beasiswa penuh atau gratis bagi anak yatim.

Yayasan Permata Islam masih membutuhkan perluasan tanah untuk para penghafal Al-Qur'an.